Đại học Nagoya bắt nguồn từ năm 1871 khi đây là một trường y tạm thời. Năm 1939, trường trở thành Đại học Hoàng gia Nagoya. Năm 1947, nó được đổi tên thành Đại học Nagoya, và trở thành một trường đại học quốc gia Nhật Bản.

Lý tưởng được viết trong hiến chương học thuật của Đại học Nagoya là khuyến khích giới trí thức với lòng can đảm bằng cách cung cấp một nền giáo dục tôn trọng tư tưởng độc lập.